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生物物理所開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平台

2019-11-15 生物物理研究所
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  單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息,而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留並記錄了細胞的空間位置信息。空間轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環境,將成爲發育生物學、神經生物學、免疫生物學、腫瘤微環境等領域的研究利器。

  11月12日,《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表了中國科學院生物物理研究所高通量测序中心题目为SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes 的論文,发布第一个单细胞空间转录组数据库及数据在线可视化平台。SpatialDB系统收录了来自5个物种由8种空间转录组技术产生的数据,建立了空间转录组数据分析处理流程,实现了空间转录组数据的在线可视化,同时提供了空间差异表达基因及其功能富集分析的注释。

  中科院院士、生物物理所研究员陈润生以及高级工程师陈小伟为論文共同通讯作者。生物物理所高通量测序中心高级工程师范珍为論文第一作者。该研究获得中科院关键技术人才项目、国家自然科学基金和国家重点研发项目的资助。

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生物物理所開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平台

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